Peringkat universitas negeri dan universitas swasta di Ambon Maluku dapat diketahui dari akreditasi jurusan yang dihasilkan Ban-pt. Universitas yang lebih banyak memiliki jurusan peringkat A dan B termasuk universitas terbaik dan favorit. Sebaliknya universitas yang jurusannya dominan terakreditasi peringkat C umumnya relatif kurang favorit dan kurang diminati.
Daftar universitas swasta dan